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南相木村は長野県の東南端の群馬県境に位置する。東西20km、南北5kmの細長い地形で、面積は66.03k㎡。千曲川の支流、南相木川が谷間を縫うように東から北西へ流れている。
東は群馬県多野郡上野村、西は小海町に、北は北相木村に連なり、南は川上村・南牧村に隣接している。村の北側には御座山(おぐらさん)(2,112m)があり、南は天狗山(てんぐやま)(1,882m)から馬越峠(まごいとうげ)を越えて三国山へと続く。村の中央に位置する峰雄山(みねおさん)(1,631m)の南に三川、北は栗生川(くりゅうがわ)が流れ、中島で合流して南相木川となり、小海町で千曲川に注いでいる。面積の約8割を山林が占め、南相木川に沿って、10の集落が点在している。
気候は、内陸性高冷地気候で、年間平均気温は9℃。夏季も冷涼で気温格差が大きいのが特徴。降水量も年間1,000から1,200mmと少なく、冬季の降雪量も少ない。冬は北西の風が強く、厳しい寒さが続く。